La Provincia de Bocas del Toro cuenta con cuatro áreas protegidas, cada una de ellas de una categoría diferente dentro de las contempladas en la Ley del Ambiente que rige a la Autoridad Nacional del Ambiente (ANAM) y el Sistema Nacional de Areas Protegidas (SINAP).

Cabe mencionar que todos ellos, en conjunto con el Parque Nacional Volcán Barú, el Humedal Lagunas de Volcán y la Reserva Forestal Fortuna, son componentes núcleo de la Reserva de la Biósfera La Amistad.

En conjunto, las áreas protegidas de Bocas del Toro, que se encuentran dentro del SINAP, ocupan una superficie de 487,022 hectáreas terrestres (incluyendo algunos sectores que han pasado a la Comarca Ngobe-Buglé) más 11,596 hectáreas de mar.

Las cuatro áreas protegidas, que cuentan con un Plan de Manejo aprobado por ANAM, son:

• Parque Internacional La Amistad
• Parque Nacional Marino Isla Bastimentos
• Bosque Protector de Palo Seco
• Humedal de Importancia Internacional San San-Pond Sak

Además, existen varias Reservas Municipales declaradas, que aún no pertenecen al SINAP:

• Reserva Municipal Playa Bluff (Isla Colón)
• Reserva Municipal Mimitimbi (Isla Colón)
• Reserva Municipal Isla de los Pájaros (Isla Colón)
• Reserva Municipal Humedales de Chiriquí Grande (Miramar)