Se alguma coisa caracteriza a Província de Bocas del Toro é sua extraordinária biodiversidade, resultando em uma ampla gama de ambientes naturais, ou ecossistemas, localizados a partir das altas montanhas da Cordilheira Central ou de Talamanca, até as profundezas do Mar do Caribe, nas extendidas costas da região.
Os ecossistemas mais importantes a ser encontrados aqui são: